行退下后拟旨，天子御览后昭告天下。
谋害御史吕毓昌的三位奴仆，伪造假证的仵作等一律秋后问斩。
指使杀人的原归德府同知，勒令自尽。
包庇纵容的归德府知府籍没家财，刺配流放辽东，遇赦不赦。
右布政使董汝汉调广东右布政使。
河道总督李子华等其余官员尽数罚俸。
被杀御史吕毓昌追赠参政衔，以三品官之礼下葬，朝廷于其家乡表彰其忠节。
丘橓破案有功，增俸一秩，林延潮禀案情有功，赐银百两。
最后天子重申，不许言官再拿张居正案说事，御史李植，江东之，羊立可等尽罚俸一年。
但官员得得失失，并非如此简单，这一次申时行与言道的交锋，最后言道败北，申时行大获胜。申时行保住了相位，赢得天子信任，并博得宽大之名。
而丘橓虽被天子嘉奖，但遭众官员弹劾下，清名尽毁，向天子请求辞官。
天子准予致仕。